Человек прежде аполитичный, умеренный либерал по мировоззрению, теперь Павлов настойчиво демонстрировал приязнь к советской власти, определяя ее как «худший вид жандармского произвола былых времен, доведенный до неслыханно утрированных пределов». В своих лекциях он неоднократно повторял: если то, что делают большевики с Россией, эксперимент, то для такого эксперимента он пожалел бы даже лягушку: «Глубоко убежден, что проделываемый над Россией социальный опsn обречен на непременную неудачу и в результате ничего, кроме политической и культурной гибели моей родины, не даст».
По воспоминаниям Петра Капицы, «без стеснения, в самых резких выражениях он критиковал и даже ругал руководство, крестился у каждой церкви, носил царские ордена, на которые до революции не обращал внимания...»
С подобными речами он выступал повсеместно: на лекциях перед коллегами и даже в трамвае по пути на работу. Пассажиры внимали ему с робким одобрением, закрывая лица газетами. Своим молчанием они, как стало обычным в те годы, крича о своей солидарности с ученым.
В 1929 году Павлов громогласно воспротивился «освежению» Академии наук за счет партийных кадров, а потом уговорил маститых ученых провалить большевистских кандидатов тайном голосовании. Власть стерпела и это: идеологические дивиденды от его имени перевешивали неудобства, которые создавал им великий физиолог.
В дальнейшем голос его звучал все глуше, а письменные протесты ученого против «многолетнего террора и безудержного своеволия власти» читали лишь члены правительства. И даже не столько читали, сколько просматривали с раздражением, испытывая, видимо, желание лягнуть, укусить, заклевать, но карательных мер не применяли. Их удерживали не только мистические опасения нарушить ленинские заветы, не только оглядка на западные страны и не только привычка к столь именитому диссиденту. Нет. Павлов был крайне нужен советской власти.
В1935году, примерно за год до смерти, Павлов завещал Капице: «Знаете, Петр Леонидович, ведь я только один здесь говорю, что думаю, а вот я умру, вы должны это делать, ведь это нужно для нашей родины, а теперь эту родину я как-то особенно полюбил, когда она в этом тяжелом положении». (Петр Капица, также ставший нобелевским лауреатом, последовал совету великого физиолога. В результате был изгнан из института и вынужден был проводить свои опыты в сарае на даче.)
Такую модель поведения Павлова трудно было объяснить с позиций экспериментальной физиологии, хотя она вполне соответствовала некогда отвергаемой им психологии человека, но только человека свободного.