Аллергенами называют вещества, которые при первом поступлении в организм вызывают образование антител класса IgE, а при последующем введении — дегрануляцию тучных клеток, сенсибилизированных IgE-антителами. Фактически аллергены — это разновидность антигенов. Структурные признаки аллергенов, т.е. особенности молекул, определяющие их аллергенность, строго не определены. Обычно аллергены являются полипептидами или белками с молекуляроной масой 5—15 кДа. Они могут иметь самую разнообразную структуру: известно более 120 семейств белков, к которым могут принадлежать аллергены. Проявлению аллергенности благоприятствует наличие протеазной активности (например, у клещевых аллергенов домашней пыли), способность взаимодействовать с липидами (например, у пищевых антигенов растительного и животного происхождения) и различными другими лигандами, а также способность проникать через тканевые барьеры и обеспечивать перекрестное сшивание молекул IgE, связанных с рецепторами FeeRI. Проявлению аллергенности молекул способствует их введение в низких дозах, поступление в организм через слизистые оболочки и т.д. Получены рекомбинантные формы белковых аллергенов, однако их аллергенная активность, как правило, ниже, чем у естественных аллергенов. К аллергенам относят также низкомолекулярные вещества (например, лекарственные), проявляющие свое действие, образуя комплексы с белками организма.
Удовлетворительные классификации аллергенов отсутствуют. По происхождению их можно разделить на аллергены животного, растительного происхождения, микробные и синтетические, по путям поступления в организм — на ингаляционные (аэроаллергены), пищевые, инъекционные. Иногда выделяют лекарственные аллергены, которые по происхождению могут быть природными (из микроорганизмов — антибиотики) или синтетическими. Характерные примеры — аллергены клещей рода Dermatophagoides, содержащихся в домашней пыли, аллергены пыльцы амброзии, березы (аэроаллергены), перхоти животных, яда насекомых. Для сокращенного обозначения аллергенов растительного и животного происхождения используют формулу, включающую название рода (3 первые буквы), вида [четвертая (строчная) буква] и порядковый номер, иногда с уточнением изофоры. Например, Amb a 1 — аллерген 1 из Ambrosia artemisiifolia, Derp 2 — аллерген 2 из клеща Dermatophagoides pteronyssinus.