Наряду с полезной ролью, которую играют микроорганизмы в биологической очистке воды, они одновременно являются и загрязнителями внешней среды. В воде могут находиться возбудители различных заболеваний: тифа, холеры, дизентерии, туляремии и др. Особенно часто они обнаруживаются в бытовых хозяйственно-фекальных сточных водах населенных мест и ряда производств: мясокомбинатов, кожевенных заводов, боен. Чтобы предотвратить попадание патогенных микроорганизмов в естественные водоемы и источники водоснабжения, необходимо знать методы санитарно-бактериологического исследования и обеззараживания воды.
Выбор эффективного средства и метода дезинфекции производится на основании особенностей биологии патогенных микроорганизмов и учета экологической среды.
Общим санитарно-бактериологическим показателем состояния среды является количество микроорганизмов в 1 мл воды. Но более важно с санитарно-гигиенической точки зрения выявление в среде патогенных бактерий. Однако непосредственное обнаружение патогенных бактерий в таких средах, как вода, затруднено и требует длительного времени (10-12 сут). Это связано с тем, что численность патогенных микроорганизмов в естественной среде по сравнению с численностью непатогенных (сапрофитов) мала. При высеве пробы на питательные среды создаются условия конкуренции между сапрофитными и патогенными бактериями, невыгодные для последних из-за их малочисленности. Поэтому основной целью бактериологического исследования среды является обнаружение фекального загрязнения. Показателями фекального загрязнения служат обитатели кишечника человека, в первую очередь кишечная палочка.

Для количественной характеристики содержания кишечной палочки в среде служат два показателя: кол и-титр и кол и-индекс. Под коли-титром понимают наименьшее количество исследуемого материала, в котором содержится 1 кишечная палочка. Коли-индекс - это количество кишечных палочек в 1 л воды. Для перевода коли- титра в коли-индекс надо 1000 разделить на величину коли-титра. Например, при коли-титре 333 (для питьевой воды) коли-индекс равен 1000 : 333 « 3. Это означает, что в 1 л воды содержится 3 кишечных палочки. Вода считается пригодной для питья при коли- титре не менее 300 и коли-индексе равном 3.
При более высоком содержании кишечной палочки применяются методы обеззараживания. Самым распространенным из них является хлорирование воды. Оно основано на том, что хлор, попадая в бактериальную клетку, вызывает в ней сильные окислительные процессы, приводящие к инактивации ферментов и гибели ее. Такой же эффект дают и другие окислители - перманганат, озон, перекись водорода. Кроме них, для дезинфекции могут применяться любые антимикробные средства.