В естественной среде микроорганизмы развиваются в сложных микробных сообществах - микробоценозах, состоящих из различных видов, между которыми устанавливаются определенные взаимоотношения. Характер этих взаимоотношений зависит от биологических особенностей развивающихся видов, количества и доступности питательных веществ, физического и химического состояния среды. Взаимоотношения между микроорганизмами могут быть разделены на симбиотические - симбиоз, метабиоз и сателлитизм и конкурентные - антагонизм, паразитизм и хищничество.