Патоморфологические изменения лимфоидной ткани подвздошной кишки характеризуются цикличностью и служат основанием для выделения 5 условных патоморфологических периодов.

Первый период (1-я неделя болезни) — мозговидное набухание лимфоидной ткани тонкой кишки (групповые и солитарные фолликулы увеличиваются в размерах и выступают над уровнем слизистой оболочки).

Второй период (2-я неделя болезни) — начало некроза центральных частей набухших лимфатических фолликулов и пейеровых бляшек, поверхность которых приобретает грязно-серый цвет.

Третий период (3-я неделя болезни) — отторжение некротических масс и образование язв с обнажением глубоких слоев слизистой оболочки и подслизистой основы.

Четвертый период (конец 3-й — 4-я неделя болезни) — окончание отторжения некротических масс и формирование «чистых» язв с гладким дном и слегка выступающими краями.

Пятый период (5-6-я неделя болезни) — заживление язв без рубцовых изменений.