Ведущее значение в инструментальной диагностике туберкулеза принадлежит эндоскопическим исследованиям.
Бронхоскопическое обследование обязательно для больных с любым патологическим процессом в легочной ткани и/или внутригрудных лимфатических узлах, что обусловлено как ценностью визуального осмотра, так и возможностью проведения в ходе исследования различных биопсий.
Показанием к прямой биопсии скусыванием или соскобом является патологический процесс (бугорки, бляшки, инфильтраты) в трахее и бронхах I-III порядка.
Катетер-биопсия - катетеризация мелких бронхов с аспирацией материала для цитологического, гистологического и микробиологического исследований; ее проводят при округлых образованиях в легочной ткани, полостях, инфильтратах, реже - при диссеминациях. Информативность метода невысока (25-30%).
Браш-биопсия (щеточная) выполняется в аналогичных случаях с помощью управляемой нейлоновой или капроновой щеточки через канал фибробронхоскопа и позволяет получить материал высокого качества для цитологического исследования. Биопсии следует подвергать наиболее дистально расположенные бронхи.
Трансбронхиальную пункцию внутригрудных лимфатических узлов через стенку трахеи или бронхов проводят прямой, снабженной мандреном иглой длиной 50-55 см, имеющей над рабочей частью ограничительную шайбу на расстоянии 2-2,5 см. Эффективность метода зависит от степени гиперплазии лимфатических узлов средостения (чем больше их размеры, тем результативнее пункция) и в целом составляет несколько более 50%.
Трансбронхиальную биопсию легких проводятся при помощи щипцов из стандартного набора инструментов через фибробронхоскоп под местной анестезией с одной стороны (чтобы избежать опасности двустороннего пневмоторакса). Процедура проходит под контролем ощущений больного.
Для полноценного морфологического исследования необходимо не менее четырех биоптатов. Эффективность метода достигает 80-85%.
Медиастиноскопия с биопсией лимфатических узлов средостения
- безопасный, надежный и эффективный метод, диагностическая эффективность которого составляет более 90%, а количество осложнений - не более 2%. Исследование производят с помощью ларингоскопа (специальные медиастиноскопы мало распространены в России), под интубационным наркозом.
Медиастиноплевроскопия позволяет биопсировать как лимфатические узлы средостения, так и легочную ткань, но сложнее в техническом отношении.
Торакоскопическое исследование с биопсией легкого и плевры сочетает высокую информативность и сравнительно малую инвазивность. Возможно использование торакоскопа или фибробронхоскопа, но наибольшие возможности дает использование современных видеоэндоскопических комплексов. Биопсия измененных участков париетальной и висцеральной плевры проводится скусыванием щипцами с коагуляцией дефекта в легком диатермокоагулятором. При биопсии легкого с помощью щипцов из стандартного набор инструментов можно получить биоптат объемом до 10 мм3, а при использовании электрохирургической петли типа «овал» или «серп» -
  1. 9 см3. Эффективность метода при этом превышает 90%.

Несмотря на высокую результативность эндоскопических методов исследования, в диагностике туберкулеза сохраняют значение и хирургические методики биопсии, что связано с описываемыми ниже пределами морфологического метода исследования.
Парастернальная медиастинотомия имеет некоторые преимущества перед медиастиноскопией (лучше обзор, имеется возможность иссечения кусочка легочной ткани, надежнее гемостаз и проч.), однако более травматична.
Открытая биопсия легкого является высокоэффективным методом диагностики и заключается в иссечении кусочка легочной ткани при небольшой по протяженности межреберной торакотомии. Но помимо несомненных достоинств (диагностическая эффективность не менее 95%), открытая биопсия имеет и недостатки. Выполняемая под интубационным наркозом, она приводит к усилению рестриктивных нарушений функции внешнего дыхания, что повышает риск вмешательства. Отмечается и довольно высокое (до 5%. и более) число осложнений (длительное накопление в плевральной полости экссудата, развитие пневмоторакса, гемоторакса и проч.).
Трансторакальную биопсию проводят при локализации патологических изменений в наружных (кортикальных) отделах легкого с помощью обычных тонких игл (аспирационная биопсия), либо более толстых игл специальной конструкции, позволяющих получить образцы

легочной ткани и плевры не только для цитологического, но и для гистологического исследования (трепанационная или пункционная биопсия). Эффективность метода во многом зависит от характера изменений, их локализации, квалификации хирурга и патоморфолога. Значительно повышает результативность исследования выполнение биопсии под контролем ультразвукового исследования или компьютерной томографии.
Обязательным методом исследования при наличии у больного жидкости в плевральной полости является плевральная пункция.
При диагностике туберкулеза органов дыхания могут производиться также биопсии иных органов (периферических лимфатических узлов, кожи, мягких тканей и др.).