Аутоиммунные заболевания развиваются в тех случаях, хогда в организме появляются антитела или клоны Т-клеток, способные взаимодействовать с собственными антигенами и тем самым разрушать клетки и ткани, обладающие этими антигенами. Возникший аутоиммунный процесс — явление в значительной степени хроническое, приводящее в долговременному повреждению тканей. Связано это в первую очередь с тем, что аутоиммунная реакция постоянно поддерживается тканевыми антигенами.
Механизм аутоиммунного разрушения клеток и тканей неотличим от того, который действует в условиях нормы при адаптивном иммунитете, и включает как специфические антитела различных классов, так и субпопуляции Т-клеток, способных реагировать на собственные антигены.
Какие факторы обеспечивают запуск запрещенных клонов в реакционный ответ, не известно. Однако существует определенная коррелятивная связь между HLA-генотипом и относительным риском аутоиммунного поражения. Кроме того, провоцирующими сигналами для инициации иммунного ответа к собственным антигенам могут служить факторы внешней среды.