Первые попытки классификации микроорганизмов относятся ко второй половине XVIII в. В 1786 г. О. Мюллер объединил все известные микроорганизмы в одну группу под общим названием инфузории. Эта труппа подразделялась на два рода - монас и вибрио, куда входили только бактерии. В 1838 году появилась систематика Г. Эренберга, по которой бактерии также относятся к классу инфузорий, но делятся на два семейства - монадины с одним родом монас и вибрионилы с четырьмя родами, включающими палочковидные, нитевидные и извитые формы. Г. Эренберг описал много новых видов бактерий. Значительным шагом вперед явились исследования Ф. Кона (1854) и К. Негели (1857) в Германии и Л. Ценковского (70-е годы XIX в.) в России. По их систематике бактерии были окончательно отнесены к растительному царству и
было проведено четкое разграничение микроорганизмов по морфологическим признакам.
В настоящее время бактерии классифицируют в соответствии с Определителем Берги, выпускаемом периодически Международным Комитетом по тематике прокариот с привлечением крупных специалистов разных стран. Ценность Определителя Берги в том, что он представляет собой наиболее полную сводку известных бактерий и содержит необходимые тесты для идентификации их. В основу классификации прокариот в 9-м издании Определителя Берги (тЛ, 1994 г.) положены наличие клеточной стенки и ее структурная организация. В соответствии с этим критерием царство Procaryotae разделено на 4 отдела: Gracilicutes (от лат. cutes - кожа, gracilis - тонкий) - грамотрицательные бактерии; Firmicutes (от лат. firmus - прочный) - грамлоложи- тельные бактерии; Tenericutes, или Molicutes (от лат. mollis - мягкий) - бактерии, не имеющие клеточной стенки - микоплазмы; Mendosicutes (от лат. mendosus - ошибочный) - архебактерии, клеточная стенка которых иного состава, чем аналогичная структура других прокариот.
Каждый из перечисленных отделов представлен разным количеством таксономических и физиологических групп бактерий, характеристика которых дана в гл. 8.