Питание микроорганизмов как физиолого-биохимический процесс осуществляется благодаря наличию в клетке различных ферментов, катализирующих все жизненно необходимые реакции. Микробная клетка, подобно клеткам высших организмов, оснащена достаточно активным ферментным аппаратом. Ферменты микроорганизмов обладают теми же свойствами и функциями, что и ферменты высших организмов. В соответствии с катализируемыми реакциями все ферменты разделяются на шесть классов: оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, лиазы, изомеразы, лигазы. Несмотря на малые размеры микробной клетки, распределение в ней ферментов строго упорядочено. Ферменты энергетического обмена и транспорта питательных веществ локализованы в цитоплазматической мембране и ее производных. Многие ферменты не связаны с отдельными структурами клетки, а находятся в цитоплазме.
Ферменты бактерий подразделяются на эндо- и экзоферменты. Эндоферменты функционируют только внутри клетки. Они катализируют реакции биосинтеза и энергетического обмена. Экзоферменты выделяются клеткой в среду и катализируют реакции гидролиза сложных органических соединений на более простые, доступные для ассимиляции микробной клеткой. К ним
относятся гидролитические ферменты, играющие исключительно важную роль в питании микроорганизмов.