Решение проблемы распознавания антигенов Т-клетками потребовало значительных усилий. Уже при анализе распознавания конъюгатов гап- тенов с белками-носителями было установлено, что В- и Т-клетки узнают разные эпитопы конъюгата: В-клетки распознают гаптены, а Т-клетки — детерминанты белка-носителя. Вскоре было обнаружено еще более кардинальное различие в распознавании антигенов, осуществляемом Т- и В-лимфоцитами. Оказалось, что, в отличие от В-клеток, распознающих антиген как в свободной форме (в растворе), так и на поверхности клеточных мембран, Т-клетки распознают только мембраносвязанный антиген. Более того, благодаря исследованиям Р. Цинкернагеля (R.M. Zinkernagel) и П. Догерти (P.C. Dogherty), проведенным в 70-е годы прошлого века, стало ясно, что Т-клетки распознают не столько «чужое», сколько «измененное свое». На протяжении последующих десятилетий было установлено, что
TCR совместно с корецепторами распознает фрагменты антигена (эпитопы), включенные в состав молекул MHC на поверхности специализированных АПК (в отличие от ВCR и иммуноглобулинов, распознающих эпитопы в составе любых молекул белков). Так были заложены основы современного учения о распознавании антигенов Т-лимфоцитами. Из сказанного выше следует, что понимание природы антигенов, распознаваемых Т-клетками, невозможно без представлений о MHC и его продуктах.