Основная функция иммунной системы состоит в защите организма от биологической агрессии, исходящей, как правило, извне от патогенов и их продуктов, чужеродных для макроорганизма. Эндогенная агрессия в виде развития опухолей тоже часто связана с приобретением собственными клетками организма определенных черт чужеродности.
Ранее в качестве маркеров чужеродности рассматривали именно антигены. В настоящее время более значимыми носителями признаков чужеродности считают PAMP, поскольку именно они ответственны за включение процессов, составляющих основу иммунной защиты. Соответствие между PAMP (отвечают за активацию врожденного иммунитета) и антигенами (отвечают за запуск адаптивного иммунитета) не до конца выяснено. В ряде случаев одна и та же молекула сочетает в себе свойства PAMP и антигена, в других случаях в роли PAMP и антигена выступают разные молекулы патогенов.
В любом случае чужеродные молекулы можно рассматривать как маркеры клеток, потенциально опасных для организма. Эти молекулы служат наиболее ранним сигналом опасности, распознаваемым задолго до проявления патогеном своих вредоносных качеств. Таким образом, эволюция избрала косвенный путь выявления потенциально опасных агентов по их чужеродности для данного организма. Это послужило основанием для определения антигенов, данного Р.В. Петровым: антигены — это биологические тела и молекулы, несущие признаки чужеродной генетической информации. Поскольку чужеродность проявляется относительно конкретного организма, молекула, воспринимаемая как антиген одним организмом, может не восприниматься в качестве такового другим организмом.
Связь антигенности с чужеродностью макромолекулы для данного организма наглядно проявляется при оценке иммуногенности гомологичных белков. Иммуногенность возрастает по мере увеличения «эволюционного расстояния» между донором и реципиентом белка. В основе повышения иммуногенности лежит увеличение различий в первичной структуре белков. Эти закономерности используют при серологической оценке степени эволюционного родства видов.
Даже единичные замены аминокислот, лежащие в основе внутривидового антигенного полиморфизма (в частности, в системе гистосовместимости), эффективно распознаются с помощью антител, особенно при аллоиммунизации (т.е. иммунизации материалом от генетически неидентичных особей того же вида). Комбинация достаточно большого числа полиморфных генов (особенно высокополиморфных генов гистосовместимости) обеспечивает биологическую индивидуальность, которая проявляется, в частности, в отторжении тканей при аллотрансплантации. По этой же причине, хотя и не во всех случаях, организм распознает неоантигены, возникающие вследствие мутаций.
Однако чужеродность — не абсолютная характеристика антигена. Об этом свидетельствует возможность образования аутоантител, т.е. антител к собственным молекулам организма (см. раздел 4.4.1). В тех случаях, когда в качестве аутоантигенов выступают компоненты тканей, в норме изолированных от иммунной системы («забарьерные ткани»), нарушения общего принципа чужеродности не происходит, поскольку для иммунной системы эти ткани «чужие». В других случаях аутоантитела образуются в ответ на действие чужеродных молекул, имеющих структурное сходство с аутологичными компонентами. Эти антитела взаимодействуют как с чужеродным иммуногеном, так и с аутоантигеном. Так бывает, например, при стрептококковой инфекции, при которой образуются антитела к микробным полисахаридам, реагирующие также с антигенами собственной соединительной и эпителиальной тканей. Однако выявляют также истинную реакцию иммунной системы на собственные антигены. Это происходит не только при патологии (нарушение условий презентации антигена лимфоцитам, дефекты селекции лимфоцитарных клонов, дефицит регуляторных клеток и т.д.), но и в норме.
В организме всегда присутствуют многочисленные аутоантитела, взаимодействующие с собственными молекулами организма. Такие антитела продуцируются в основном В1-клетками (см. раздел 3.3.1.3). Эти антитела обладают низким сродством к антигенам, часто полиспецифичны; они не способны активировать некоторые эффекторные механизмы врожденного иммунитета (например, разрушение носителя антигена фагоцитом). В связи с этим такие аутоантитела не повреждают ткани, а напротив, выполняют ряд важных функций (транспорт макромолекул, элиминацию отработавших молекул и другие гомеостатические функции). Функционально важную группу аутоантител образуют антитела к идиотопам иммуноглобулинов (анти-антитела). Они копируют конфигурации антигенных эпитопов, служа их «внутренними образами» и играют определенную роль в регуляции иммунного ответа (см. разделы 3.1.1.3 и 3.6.6.3).