Паттернраспознающие рецепторы присутствуют не только на мембранах клетки и внутриклеточных гранул, но и в цитозоле. Такая локализация характерна для рецепторов группы NLR (NOD-like receptor; NOD — Nucleotide-oligomerizing domain), в которую входят белки NOD1, NOD2, NALP1, NALP3, IPAF. Эти белки относят к большому семейству CLR (CARD, leicine- rich; CARD — Caspase recruitment domain), или CATERPILLER, к которому принадлежат также защитные R-белки растений. Белки этого семейства имеют сходную структуру. N-концевую позицию в них занимает один или несколько доменов семейства CARD (оно имеет отношение к активации каспазы 1, участвующей в процессинге провоспалительных цитокинов семейства IL-1 — см. раздел 2.5.5.5). Затем следует домен NOD, ответственный за олигомеризацию молекулы. С-концевая часть молекулы образована доменом LRR (богатый лейциновыми повторами), уже упоминавшимся при описании TLR.
Способность NLR распознавать лиганды связывают с доменом LRR. Рецепторы этой группы обладают сродством к пептидогликанам клеточной стенки микроорганизмов. Минимальная распознаваемая структура для рецептора NOD2 — мурамилдипептид MurNAc—L-Ala—y-D-Glu, входящий в состав клеточной стенки как грамположительных, так и грамотрица- тельных бактерий. NOD1 распознает мурамилпептиды с концевой мезоди- аминопимелиновой кислотой (meso-DAP), представленной только в пепти- догликанах грамотрицательных бактерий. Считают, что NLR распознают пептидогликаны, поступившие в цитозоль после фагоцитоза и расщепления микроорганизмов. Передача сигнала о связывании пептидогликана происходит через CARD-домен, однако для этого требуется его предварительная олигомеризация с участием домена NOD. Рецепторы NALP и IPAF участвуют в формировании инфламмосомы, в которой активируется каспаза 1.
В цитозоле присутствуют также рецепторы, распознающие чужеродную РНК, — RLR (RIG-like receptors). В RLR семейство входят молекулы RIG-I и MDA5. Их функция состоит в индукции синтеза интерферонов I типа в ответ на распознавание вирусной РНК (двуспиральной РНК, а рецептором RIG-I — также и односпиральной РНК, несущей 5’-трифосфатную группу). В распознавании участвует С-концевой РНК-хеликазный домен рецептора, а N-концевой домен CARD задействован в выработке сигнала. RLR присутствуют в разных типах клеток за исключением плазмоцитоидных дендритных клеток, распознающих вирусную РНК исключительно с помощью TLR. Описан также цитозольный рецептор, распознающий чужеродную ДНК — DAI (DNA-dependent activator of IFN-regulatory factors — ДНК-зависимый активатор регуляторных факторов интерферона).
Растворимые внеклеточные патогенраспознающие молекулы (коллекти- ны, пентраксины, фиколины) будут рассмотрены при описании гуморальных факторов врожденного иммунитета (см. раздел 2.5).