До начала 60-х годов было известно лишь одно свойство антигенов МНС — выступать в качестве фактора, инициирующего реакции отторжения чужеродного трансплантата. Тогда же многие понимали, что это свойство является побочным и не отражает полностью функционального предназначения комплекса.
Обращает на себя внимание тот факт, что большинство из известных генов МНС предназначены для реализации иммунных реакций на разных уровнях развития процесса. Во-первых, они принимают непосредственное участие в инициации иммунного ответа, контролируя молекулы, представляющие антиген в иммуногенной форме для его распознавания цитотоксическими и хел- перными Т-клетками. В этот процесс включены гены LMP и ТАР как вспомогательные при образовании иммуногенного комплекса этих молекул с антигеном. Во-вторых, в МНС локализованы гены, контролирующие синтез иммунорегуляторных и эффекгорных молекул — цитокинов ФНО-сх, ФНО-р, а также некоторых компонентов комплемента. Приведенные факты заставляют думать, что МНС эволюционно возник и развивался специально для осуществления иммунологических функций.