Так как в настоящее время широко известно, что атеросклероз и ИБС развиваются в результате взаимодействий факторов окружающей среды с генетическим фоном (предрасположенностью), любой генетический тест, который определяет риск ИБС, должен включать возможность оценки таких взаимодействий. С механистической точки зрения такое взаимодействие предполагает, что на молекулярном уровне эффектом или побочным продуктом действия неблагоприятного фактора внешней среды может являться модификация молекулярной функции продукта исследуемого гена.
Так, курение связано с двукратным увеличением риска ИБС, но, что странно, у некоторых курильщиков болезнь развивается рано, а другие так и остаются относительно "защищенными". Несколько исследований показали, что индивиды, несущие аллель ApoEe4 и одновременно курящие, имели относительно высокий риск развития ИБС по сравнению с теми, кто нес тот же аллель и никогда не курил. Но в то же время риск заболеваемости снижался у тех носителей этого аллеля, кто курил в прошлом и бросил, что, кроме всего прочего, само по себе поддерживает идею о пользе отказа от курения [131]. Хотя не все опубликованные исследования подтверждают эту связь, повторный анализ [132] и изучение больших выборок показало, что по сравнению с никогда не курившими носителями аллеля ApoEe3/e3, курящие носители аллеля ApoEe4 имели значительно более высокий риск возникновения ИБС, с более чем просто аддитивным эффектом "курение плюс генетическая предрасположенность". Повторный анализ данных Фремингемского исследования (Framingham Offspring) также подтверждает предположение, что описанный эффект сочетания аллеля ApoEe4 и курения более чем аддитивный. Также в большом проспективном исследовании Whitehall-II в Великобритании, где доля курильщиков относительно небольшая (lt;15%), е4 не был связан со значительным риском ИБС [134]. Эти данные убеждают в том, что носительство ApoEe4 само по себе не повышает значительно риск ИБС, а только в тех случаях, когда речь идет о некурящих людях. Если эта информация подтвердится, ясно, что любой генетический тест на наличие варианта гена ApoE может быть малоинформативным при отсутствии информации о курении.