В естественных условиях микроорганизмы подвергаются воздействию разных по своей природе факторов. Влияние этих факторов может либо стимулировать развитие, либо вызывать торможение метаболизма, либо приводить клетки к гибели. Условно факторы внешней среды можно разделить на физические, химические и биологические.
К физическим факторам, определяющим жизнеспособность микроорганизмов и интенсивность их развития, относятся влажность, осмотическое и гидростатическое давление, температура, радиация. Прокариотические микроорганизмы в отличие от эукариотических существуют в более широком диапазоне изменений.