После чего он вернулся в Москву. С 1765 по 1802 гг. Зыбелин был профессором университета. Он читал лекции по химии и медицине. Кстати сказать, он был одним из первых, кто начал читать лекции на русском языке. Лекции С. Г. Зыбелина включали широкий спектр теоретической и практической медицины, а также много других аспектов деятельности врача: 1)
акушерство («бабьичье дело»); 2)
воспитание детей; 3)
диагностика и лечение разных внутренних болезней; 4)
гигиена; 5)
изучение законов природы; 6)
законы физиологии и патологии; 7)
предупреждение развития заболеваний.
Преподавание фармации также входило в круг обязанностей
Семена Герасимовича Зыбелина.
Преподавание фармации Зыбелиным включало в себя достаточно большой по объему курс рецептуры, курсы аптекарского искусства, курс фармацевтической химии и т. д. Вот название некоторых лекций Зыбелина: 1)
«О причинах внутреннего союза частей между собой»; 2)
«Слово о причине внутреннего союза частей тела и между собой и о происходящей из того крепости в теле человеческом»; 3)
«О действии воздуха на человека и путях, коим он в него входит»; 4)
«О правильном воспитании с младенчества в рассуждении тела, служащем к размножению в обществе народы»; 5)
«О пользе привившей оспе»; 6)
«О сложениях тела человеческого и способах как оные предохранять от болезней»; 7)
«О вреде, проистекающем от держания себя в тепле излишней»; 8)
«О способах как предупредить можно немаловажную между прочим медленного умножения народа причину, состоящую в неприличной пище младенцев даваемой в первые месяцы их жизни».
По этим лекциям можно судить о том, что подход к вопросам медицины был широким и глубоким, затрагивались проблемы охраны здоровья населения. В своих лекциях и способу преподавания Зыбелин шел по пути Ломоносова, следовал клиническим принципам Гиппократа, физиологии Гарвея и т. д. Поскольку в университете не имелось специализированных клиник, в которых студенты могли бы получать клинические знания и опыт, Семен Герасимович Зыбелин организовывал так называемые курсы медицинские консультативные, на которых демонстрировал больных.