Развитие патологической анатомии в России происходило непосредственно в связи с клиниками. Регулярно проводились вскрытия трупов умерших в госпиталях. Вскрытия в России начали проводить официально и регулярно еще в первой половине XVIII в. — это раньше, чем в других странах. В Московской медико-хирургической академии,
Московском университете, Петербургской медико-хирургической академии преподавание патологической анатомии велось анатомами в курсе нормальной анатомии, а также клиницистами в курсах патологии и терапии. Надо отметить то, что русские врачи понимали большое значение патологической анатомии для клиники. И. В. Буяльский, И. Е. Дядьковский, Г. И. Сокольский, Н. И. Пирогов начали чтение специального курса лекций, которые были посвящены проблемам патологической анатомии. Чтение этих лекций происходило еще до создания специальных кафедр патологической анатомии.
Первым профессором патологической анатомии в московском университете стал А. И. Полунин (1820—1888). В своих работах А. И. Полунин отмечал значение нервной системы в различных патологических процессах, которые происходят в организме. Полунин критиковал целлюлярную теорию Вирхова, гуморальное учение Рокитанского. Он считал, что для организма человека одинаково большое значение имеют и твердые части, и соки, а также был уверен, что изменения, которые происходят в чем-то одном (твердой части или соке), влекут за собой изменения в другом. После того как Полунин возвратился из поездки по Западной Европе в 1845 г., он отмечал, что в некоторых странах (например, в Германии) клинические врачи уделяли недостаточное внимание патологической анатомии. А. И. Полунин писал: «Учащиеся не имеют права присутствовать при вскрытиях всех умерших в Cha- rite. Самые вскрытия производятся большей частью небрежно, поверхностно. Вообще нельзя не упрекнуть клинических преподавателей берлинских в неизвинительном небрежении к патологической анатомии».
В Петербургской медико-хирургической академии в 1859 г. была организована самостоятельная кафедра патологической анатомии.
В Петербурге видным патологоанатомом был М. М. Руднев (1837—1878). Микроскоп стал для студентов академии чуть ли не повседневным прибором исследования — это заслуга М. М. Руднева. Он неоднократно отмечал большое значение патологической анатомии для клинических дисциплин, а также говорил о том, что студентам необходимо привить практические навыки. М. М. Руднев придавал большое значение нервной системе в патологических процессах. Руднев пользовался экспериментальными методами в своих исследованиях, которые он проводил в различных областях патологической анатомии. Он, так же как и Полунин, критиковал учение Вирхова: «Неверно, что вся сущность болезненных расстройств приписывалась изменению клеточных элементов, ибо болезни могут состоять в изменении как плотных, так и жидких частей тела».