Входные ворота: кожа — в месте укуса клеща происходит инокуляция боррелий. Первичный аффект характеризуется воспалительно-аллергической реакцией кожи с развитием эритемы и длительной локальной персистен- цией боррелий. Формируется сенсибилизация к возбудителю, иммунный ответ замедленный. В случае высокой иммунной реактивности заболевание может завершиться на первой стадии с полной элиминацией возбудителя.

Стадия генерализации — лимфогенная и гематогенная диссеминация с образованием дочерних эритем и внедрением боррелий в различные органы и ткани; при периневральном распространении — вовлечение нервной системы (острый нейроборрелиоз). Клинически проявляется лихорадкой, интоксикацией и развитием органных поражений с преимущественной локализацией в суставах и сердце, нервной системе. Формируется гуморальный и клеточный иммунный ответ, возможно развитие перекрестного реагирования с белками нервной ткани, синовиальной оболочки.

Поздняя стадия развивается спустя месяцы и годы после заражения, характеризуется клиникой артрита, хронического атрофического акродерматита, поздних неврологических синдромов (энцефалит, энцефаломиелит, полинейропатии). Доминируют аутоиммунные механизмы.