Ворота инфекции — органы пищеварения; внедрение возбудителя происходит преимущественно в нижних отделах тонкой кишки.

Затем токсоплазмы гематогенно достигают регионарных (мезентериальных) л/у, где размножаются, вызывая воспалительные изменения с формированием гранулем, напоминающих по клеточному составу туберкулезные или бруцеллезные гранулемы. Затем паразиты гематогенно разносятся по всему организму, фиксируясь в органах системы мононуклеарных фагоцитов (печень, селезенка, л/у). Кроме того, избирательно поражаются нервная система, миокард и скелетные мышцы. Образовавшиеся по мере формирования иммунитета цисты могут сохраняться в организме пожизненно. В нервной системе и мышцах образуются очаги некроза с последующей их кальцификацией.

Важное значение в патогенезе инвазии имеет аллергическая перестройка организма.