Входными воротами инфекции при трансмиссивном заражении служит кожа, при алиментарном — слизистые оболочки ЖКТ.

После подкожного заражения в развитии инфекционного процесса наблюдаются две фазы: 1)

висцеральная (латентный период) — вирус размножается в подкожной клетчатке; вследствие диссеминации он обнаруживается в л/у, клетках пищеварительного тракта, селезенке; 2)

невральная — размножение вируса происходит в ЦНС. Вначале его диссеминация происходит по лимфатическим путям, позднее — гематогенно (стадия виремии).

При алиментарном заражении фиксация и накопление вируса отмечаются в кишечнике. Вместе с фекалиями вирус выделяется во внешнюю среду.

В патогенезе клещевого энцефалита ведущая роль принадлежит поражению ЦНС. В патологический процесс вовлекается серое вещество головного и спинного мозга. Особенно страдают крупные двигательные нейроны спинного мозга и ствола головного мозга. Гибель нервной ткани может наблюдаться также в среднем мозге, зрительном бугре, гипоталамической области, коре головного мозга и мозжечке. В корешках периферических нервов развиваются воспалительные изменения типа интерстициального неврита. Поражаются твердые и мягкие мозговые оболочки.