Источник инфекции: больные и переболевшие дикие и домашние животные, заражающие воду и почву и образующие природные, хозяйственные (созданные человеком) и смешанные очаги.

Природные очаги обусловлены наличием инфекции среди диких животных. Расположены преимущественно в лесной, лесостепной и лесотундровой зонах, могут быть обнаружены в приозерных котловинах, зарослях тростника, заболоченных травяных участках лесов, на сырых вырубках. Основные носители инфекции — мелкие влаголюбивые грызуны и насекомоядные (полевки, полевые мыши, серые крысы, землеройки, ежи).

В хозяйственных очагах, которые могут возникать как в сельской местности, так и в городах, носителями инфекции является крупный рогатый скот, свиньи, овцы, лошади, собаки и крысы, а также пушные звери клеточного содержания (лисицы, песцы, нутрии). Главное эпидемиологическое значение в распространении инфекции имеют хозяйственные очаги, возникающие в животноводческих хозяйствах и на производствах по убою скота и первичной обработке животного сырья.

У животных-носителей лептоспиры длительно сохраняются в извитых канальцах почек и выделяются с мочой в течение нескольких месяцев. Больной человек источником инфекции не является.

Пути передачи инфекции — алиментарный (вместе с пищей) и контактный. Заражение лептоспирозом происходит при купании и употреблении воды из естественных и искусственных водоемов, пищевых продуктов, через предметы быта и производства, загрязненные инфицированной мочой. Чаще лептоспирозом болеют лица, работающие на заболоченных лугах, в рисоводческих и животноводческих хозяйствах, на мясокомбинатах. Возможно заражение лептоспирозом работников собачьих питомников и владельцев собак.

Лептоспирозу свойственна летне-осенняя сезонность, однако единичные случаи регистрируются круглый год.

Перенесенное заболевание вызывает стойкий типоспецифический иммунитет, вследствие чего возможны повторные заболевания, вызванные различными штаммами лептоспир.