Самым трудным и ответственным делом для мануального терапевта является лечение грыж межпозвоночных дисков. Главная проблема для врачей состоит в том, что в  9 % случаев эта патология не излечивается ни иглотерапией, ни методами мануальной терапии, ни другими известными медицине консервативными методами лечения. Тогда остаётся надеяться только на оперативное лечение. Предвидеть конечный результат лечения у мануального терапевта практически невозможно. Встречаются даже парадоксальные результаты, когда при крупной (10 миллиметров) и старой грыже, с плохими «рентгенологическими данными» происходит полное излечение, а маленькая (4 миллиметра) и «свежая» грыжа (обычно – задняя или форамиальная) не вправляется и за 10 манипуляций.