Для приготовления здоровой микрофлоры берут кал не слишком густой, не липкий, без слизи. Он должен быть еще теплым. 2 чайные ложки такого кала помещают в термос с кипяченой водой (температура 39—40 °С), встряхивают несколько раз и через фильтр (его делают из 10 слоев марли и слоя ваты) переливают в другой термос (заранее подогретый до 39—40 °С). На каждые 100 мл раствора добавляют 0,5 г поваренной соли и 1 столовую ложку мочевины. Раствор готов.
Для очищения кишечника от болезнетворных микробов перед началом каждой процедуры делать очистительную клизму. Спустя 40 минут после клизмы можно начинать инокуляцию — ставить микроклизму с приготовленным раствором. Количество микроклизм — до трех в день. Их проводят обычно в течение 2 часов. Для каждой микроклизмы используют 100 мл раствора. Общий курс инокуляции — 15 дней. После курса лечения сделать 5-20-дневный перерыв, затем повторять лечение по мере необходимости.