Но, к сожалению, это правило чистоты тонкого кишечника от бактерий соблюдается редко. Присутствие бактерий в тонком кишечнике является одной из форм дисбактериоза.
Ситуация особенно осложняется в случае воспалительных процессов в тонком кишечнике. Многие аутоиммунные заболевания связаны именно с нарушениями в тонком кишечнике.
Генри Дж. Билер пишет, что каждый из волосков, покрывающих стенки кишечника, имеет сосуды двоякого
рода: кровеносные и лимфатические, по которым обычно движутся лимфоциты и другие белые кровяные тельца. В ходе пищеварения в лимфососуды попадает много лимфоцитов. Чтобы обеспечить необходимый запас этих клеток, природа расположила важнейший орган, вырабатывающий лимфоциты, непосредственно вблизи тонкой кишки. Этот орган — селезенка, и ее задача — направлять в кишечник большое количество лимфоцитов после каждого приема пищи. Проникая через лимфососуды, лимфоциты накапливают аминокислоты, являющиеся продуктом переваривания белков. Отсюда же могут разноситься и аллергены, и вредные аутоиммунные комплексы. Затем лимфоциты циркулируют в лимфатических и кровеносных сосудах и проникают в ткани, восстанавливая нарушенный иммунитет.