Попавшие через рот зрелые цисты дизентерийной амебы сохраняют жизнеспособность. Они проходят через желудок и в нижнем отделе тонкого кишечника превращаются в вегетативные просветные формы. Просветные формы амеб обильно размножаются в слепой кишке. Большинство зараженных не заболевают и остаются носителями просветной амебы и цистовыделителями.

При неблагоприятных условиях (снижение сопротивляемости организма, дефицит пищевого белка, дисбактериоз и др.) амебы внедряются в стенку кишки, где размножаются. В патогенезе амебиаза большое значение имеет степень вирулентности штаммов возбудителя, а также микробный пейзаж в кишечнике. Некоторые виды бактерий способствуют внедрению амеб в ткани. Проникновение в стенку кишки обеспечивается собственными ферментами амеб, обладающими протеолитической активностью. В кишечнике происходит цитолиз и некроз тканей с образованием язв. Патологический процесс при кишечном амебиазе в основном локализуется в слепой и восходящей ободочной кишке. Иногда поражается прямая кишка, еще реже — другие отделы кишечника. Глубокие изъязвления стенки кишки обусловливают появление кишечных кровотечений. Гематогенная диссемина- ция амеб вызывает развитие внекишечного амебиаза с формированием абсцессов в печени, легких, головном мозге.