В ближайшие десятилетия после открытий Л. Пастера в результате интенсивной деятельности в основном французско-русской (в Институте Пастера работало много русских, внедрявших затем идеи и практические подходы иммунологии в России) и немецкой школ были достигнуты успехи в развитии прикладной иммунологии и заложены основы иммунологической теории.
Первыми следует упомянуть работы И.И. Мечникова, открывшего фагоцитоз и интерпретировавшего его как фундаментальный механизм иммунитета. В это время был создан ряд новых вакцин, причем не только учениками Л. Пастера, но и немецкими учеными, тяготевшими, главным образом, к школе Р. Коха (R. Koch). В этом ряду надо выделить работы Э. Беринга (E. Behring), показавшего (совместно с С. Китазато, 1890) возможность иммунизации против инактивированных токсинов (анатоксинов) и «переноса иммунитета» с сывороткой крови. Фактически опыт с переносом иммунитета послужил первым свидетельством существования антител — гуморальных факторов, опосредующих специфичный в отношении возбудителя инфекционного заболевания иммунитет. Термин «антитело» ввел П. Эрлих (P. Ehrlich) в 1891 г. Р. Кох, прославившийся открытием и изучением возбудителя туберкулеза и внесший большой вклад в развитие иммунологии, описал реакцию на туберкулин (1890), ставшую первым примером иммунного процесса, обусловленного лимфоцитами (задолго до того, как возможность развития таких реакций была теоретически обоснована).
Ученые один за другим описывали новые иммунологические феномены и факторы. И.И. Мечников первым стал говорить о существовании специализированной системы (иммунной системы), функция которой — формирование и осуществление реакций иммунитета. Л. Дейтч (L. Deutsch) ввел термин «антиген» (1903) для обозначения веществ, на которые реагирует иммунная система, обеспечивая их удаление из организма. Разработав способ окрашивания клеток, П. Эрлих описал основные разновидности лейкоцитов, которые уже тогда считали эффекторными (исполнительными) клетками иммунитета. Он же описал тучные клетки — главные эффекторы аллергических реакций немедленного типа. Аллергия была открыта в 1902 г. Ш. Рише (С. Richet) и П. Портье (P. Portier), описавшими феномен анафилаксии. Ж. Борде (J. Bordeau) открыл систему комплемента. Начало развиваться учение о неинфекционном иммунитете, т.е. о возможной направленности иммунологических механизмов не против инфекционных агентов, а против тканей — чужеродных и даже собственных. Основы иммунологических процессов, направленных против чужеродных тканей внутри вида животных, были в принципе раскрыты К. Ландштейнером (K. Landsteiner), показавшим наличие генетически детерминированного полиморфизма на примере эритроцитов — он открыл группы крови системы АВ0. Возможность аутоиммунных процессов, т.е. иммунных процессов, направленных против собственных антигенов, была обоснована П. Эрлихом и Ю. Моргенротом (Y Morgenroth) в первые годы ХХ века.
Этот новый и разнообразный фактический материал осмысливали в процессе его накопления. К началу ХХ века существовало 2 основных теоретических направления в иммунологии — клеточное, созданное И.И. Мечниковым, и гуморальное, родоначальником которого был П. Эрлих (именно за альтернативные, но равные по значимости теории иммунитета они были удостоены Нобелевской премии в 1908 г.). И.И. Мечников полагал, что в основе иммунной защиты лежат клеточные механизмы фагоцитоза, хотя и не отрицал вклада гуморальных факторов (прежде всего антител), например, в качестве опсонизирующих агентов. В теориях П. Эрлиха содержались элементы, значительно опережающие время, в частности, идея предсуществования и селекции рецепторов для антигенов, ставшая через полвека на ином научном фундаменте основой современной иммунологии.
Открытия, разработки и теории рубежа XIX—XX вв. послужили основой классической иммунологии. За работы этого периода было присуждено 6 Нобелевских премий, в том числе самая первая премия по физиологии и медицине, присужденная Э. Берингу (табл. 1.1).
Таблица 1.1. Нобелевские премии по физиологии и медицине, присужденные за исследования, относящиеся к области иммунологии

Год	Ученые	Формулировка
1901	E. von Behring (Германия)	За работы по серотерапии и ее использование в борьбе против дифтерии
1905	R. Koch (Германия)	За исследования и открытия в области туберкулеза
1908	И.И. Мечников (Россия), P. Ehrlich (Германия)	За создание теорий иммунитета
1913	C. Richet (Франция)	За открытие и изучение анафилаксии
1919	J. Bordet (Бельгия)	За открытие комплемента
1930	K. Landsteiner (Австрия)	За открытие групп крови человека
1951	M. Theiler (ЮАР)	За создание вакцины против желтой лихорадки
1960	F. Burnet (Австралия), P. Medawar (Великобритания)	За исследование приобретенной иммунологической толерантности
1972	R. Porter (Великобритания), G. Edelman (США)	За установление химического строения антител
1980	B. Вenacerraf (США), J. Dausset (Франция), G. Snell (США)	За открытие поверхностных структур клеток, регулирующих иммунологические реакции

Окончание табл. 1.1

Год	Ученые	Формулировка
1984	N. Jerne (Великобритания), C. Milstein (Великобритания), G. Koehler (Германия)	За разработку теории идиотипической сети; за разработку техологии гибридом
1987	S. Tonegava (Япония)	За открытие генетических механизмов генерации разнообразия антигенраспознающих рецепторов
1996	R. Zinkernagel (Швейцария), P. Dogherti (США)	За открытие механизмов распознавания антигенов Т-клетками с участием молекул MHC

Однако на протяжении 20—30 гг. ХХ века иммунология постепенно превращалась в раздел медицинской микробиологии и интенсивность ее развития существенно снизилась. Единственное серьезное фундаментальное достижение за этот период — создание иммунохимии (К. Landsteiner, M. Heidelberger и др.) в результате приложения к иммунологии законов химической кинетики. Это способствовало прогрессу в понимании взаимодействия антигенов и антител в период, когда антитела еще не были выделены в чистом виде, и их природу только начали изучать (работы A.W. Tiselius по электорофорезу сывороточных белков, показавшие, что антитела принадлежат преимущественно к фракции у-глобулинов).