В условиях нормы иммунная система толерантна (терпима) к аутологичным (собственным) антигенам организма. Запрет на иммунную реакцию ко многим аутоантигенам формируется в тимусе.
Принципиальная возможность подобного запрета следует из опытов с трансгенными мышами. Специфический рецептор, синтезируемый трансгенами, будет представлен на всех Т-клетках. Если мышам, имеющим наведенный Т-клеточный рецептор, специфичный к комплексу собственной молекулы МНС с чужеродным пептидом, ввести данный пептид, то реакция клеток в тимусе и на периферии будет прямо противоположной: гибель тимоцитов, несущих рецептор заданной специфичности, и стимуляция пролиферации периферических Т-клеток, обладающих тем же рецептором.
Другой экспериментальный пример отрицательной селекции в тимусе связан с половым антигеном, который имеется у. мышей-самцов и отсутствует у самок. Трансгенные мыши-самцы, обладающие рецептором, специфичным к комплексу полового антигена с собственными молекулами МНС, характеризуются незавершенным развитием клеток в тимусе. У них дифференцировка тимоцитов, экспрессирующих данный рецептор, завершается на стадии двойных позитивов (CD4+CD8+). В популяции одинарных позитивов (CD4+CD8' или СВ4"СВ8+) на периферии также отсутствуют Т-клетки, обладающие рассматриваемым рецептором. В то же время у трансгенных самок тимоциты с рецепторами к антигену самца проходят полный путь дифференцировки и мигрируют на периферию.